Lammps 기본 사용법 정리 3편 (MD 시뮬레이션)

Lammps 기본 사용법 정리 2편 (MD 시뮬레이션)

3편을 보기 전에 이전 편을 보고 오셔야합니다!!

 

이번 시간에는 Fix 명령어의 역할과 로그 파일을 보는 방법을 알려드리겠습니다!

 

2편에서 마지막에 보여드린 덤프파일에 초반 부분에서 초기에 움직이지 않는 원자를 보셨을 겁니다

 

그 이유는

1. NVE 앙상블을 사용하였고,

2. 초기 위치가 안정하기 때문,

에 움직이지 않았던 것입니다.

 

로그 파일을 보시면

왼쪽에서 2번째 줄에 온도가 0K 에서 시작해서 크게 오르지 않는 것을 볼 수 있죠?

 

NVE 앙상블은 고립계로 에너지가 보존되기 때문에 크게 움직이지 않으며

초기 위치가 안정하기 때문에 많이 움직이지 않는 것을 볼 수 있습니다.

 

https://www.researchgate.net/figure/a-NVE-ensemble-closed-system-b-NVT-ensemble-closed-system-but-not-heat_fig1_349242811

왼쪽부터 NVE NVT NPT 순서입니다

 

앙상블에 대해 알려드리면 MD의 기본이라고 할 수 있으며

 

앙상블이 없다면 시뮬레이션도 불가능 하다고 할 수 있습니다.

 

Fix 명령어가 바로 앙상블을 설정하는 명령어 입니다.

 

설정 방법으로는 NVE의 경우 위와 같고

fix nvt command — LAMMPS documentation

NVT 와 NPT의 경우 위의 링크를 참조해 주세요!

 

본격적으로 Fix에 대해 설명해드리겠습니다.

램스를 사용하며 처음부분에는 이 시뮬레이션의 크기, 원자의 종류, 시뮬레이션 박스의 종류를 설정하고

다음으로 사용할 포텐셜. 즉 이 시뮬레이션의 기본 규칙을 설정해 주었죠?

제일 마지막으로 Fix 명령어가 존재해야합니다.

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Fix 명령어의 역할은 직접적으로 무엇을, 어떻게 움직일지에 대한

세부 규칙을 정해주는 역할입니다.

 

이런 세부 규칙을 많이 정할 수 있다면 그게 바로 좋은 시뮬레이션 프로그램이겠죠?

 

Lammps 또한 유명한 프로그램답게 굉장히 많은 Fix 명령어가 존재합니다.

진짜 많죠? ㅋㅋㅋㅋ 저도 아직 다 안써봤습니다.

 

이 중에는 아까 말씀드린 앙상블을 설정하는 역할 도 있고

온도 조절기를 바꾸거나,

시뮬레이션 박스를 흔들거나,

원자들에게 중력을 만들거나,

거울을 설치하거나,

잡아당기거나,

누르거나,

 

등등 우리가 이 시뮬레이션에 하고싶은 것을 직접적으로 할 수 있게끔 하는 것이 Fix 명령어의 역할입니다.

 

또한 각각의 Fix 명령어가 쓰는 방식이 다르기 때문에 직접 링크를 보고 사용해야 합니다.

 

혹시 궁금하신 분이 있다면 질문하시면 제가 직접 알려드리겠습니다!

 

이외의 것은 다음 시간에 알려드리겠습니다...

감사합니다!!

 

Lammps 기본 사용법 정리 4편 (MD 시뮬레이션) 로그 보는법

다음편이 나왔어용!